Проектът включва дострояване на вече съществуващи сгради, изграждане на медицински пункт, депо за противопожарен автомобил, трасе за извънгабаритни товари и опасни вещества, както и нови санитарни възли. Оградата ще бъде направена така, че да предпазва територията на пункта от наводнения. Ще има отделни паркоместа за изчакване на тежко- и лекотоварни автомобили заради задържани стоки. Пунктът ще разполага и с най-модерна апаратура за откриване на нелегално преминаващи пътници и контрабандни стоки.
Друг важен момент е обслужването на една линия от гранични и митнически власти. Като цяло след реконструкцията ГКПП Капитан Андреево ще увеличи пропускателната си способност с до 50 % и по този начин ще се решат проблемите, предизвикани от интензивния трафик през границата. Към момента данните сочат, че на ден през пункта преминават средно 3000 леки автомобила, а ТИР-овете в последните три дни от седмицата достигат 900.